Offre de formation de la faculté des sciences et technologie de l'UPEC

Détails de l'UE "Introduction à la biologie intégrative: Omics - S7" (2.0 ECTS)

Code APOGEE	Intitulé	ECTS	CM	TD	1ère Session									2ème Session
					CC			Examen			Dérogatoire			Examen
					Ecrit	Oral	TP	Ecrit	Oral	TP	Ecrit	Oral	TP	Ecrit	Oral	TP
ASAEIBI0	Introduction à la biologie intégrative: Omics	2.0	14	6	30%			70%			100%			100%

Publics concernés

Mention "Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement", parcours "Ingénierie biologique pour l'environnement", semestre M1-S1
Mention "Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement", parcours "Analyse des risques sanitaires liés à l'alimentation", semestre M1-S1
Mention "Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement", parcours "Biologie intégrative (OMICs)", semestre M1-S1

Responsable(s) pédagogique(s)

Françoise LUCAS
Dulce PAPY

Pré-requis / co-requis

L3 chimie-biologie ou L3 SVT, ou salariés des entreprises dans le cadre de la formation continue : master complet ou modules qualifiants ou validation des acquis de l'expérience (VAE)

Objectifs

L'évolution des technologies de séquençage et d'analyse des molécules biologiques a donné lieu à de nouvelles méthodes exploratoires regroupées sous le terme "omiques"(génomique, transcriptomique, protéomique, glycomique, métabolomique lipidomique, etc). L’objectif est de présenter aux étudiants ces nouvelles technologies et leurs applications. Ces nouvelles technologies sont actuellement utilisées pour étudier à large échelle les systèmes biologiques à divers niveaux des organisations structurale et fonctionnelle hiérarchiques du vivant permettant d'aborder la biologie d'une manière intégrative.

Connaissances / compétences acquises

Le cours d’introduction aux omiques permettra de découvrir ces nouvelles technologies, et leurs bases, les plateformes et les outils analytiques tout en leur donnant une vision de leurs applications en santé, nutrition et environnement.

Contenu détaillé de l'enseignement

Le cours se déroule sous forme de cours magistraux et TD, avec un examen final.
Cours : 
- Intro générale et présentation de l'ue 
- Plateformes 
- Genomique et transcriptomique 
- Proteomiques et peptidomiques 
- Metabolomique et biologie integrative 
- applications et enjeux en sante
- applications et enjeux en environnement et agriculture 
- applications et enjeux en nutrition 
TD : étude détaillée d’une application, une plateforme ou une technique par groupe de 3-4 étudiants, présentation sous forme d’un oral et d’une plaquette

Méthode d'enseignement

cours magistraux et mini-projet

Evaluation par les étudiants

questionnaire en fin d’UE

Indications bibliographiques

Greg Gibson, Spencer V. Muse (2004).Précis de génomique. De Boeck Supérieur. ISBN-13- 9782804143343

Claude Leray (2010). Les lipides dans le monde vivant. Introduction à la lipidomique. Tec & Doc. Lavoisier.EAN commerce : 9782743018191

Mayer Bernd (2011). Bioinformatics for Omics Data. Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Springer. ISBN 978-1-61779-027-0

Debmalya Barh, Kenneth Blum, Margaret A. Madigan (2011). OMICS: Biomedical Perspectives and Applications. CRC Press. ISBN-13: 978-1439850084

Debmalya Barh (2013). OMICS Applications in Crop Science. CRC Press. ISBN 9781466585256

Virginia García-Cañas, Alejandro Cifuentes, Carolina Simó (2014). Applications of Advanced Omics Technologies: From Genes to Metabolites. Elsevier. ISBN: 978-0-444-62650-9

Gubb, Ewa; Matthiesen, Rune (2010). Introduction to omics. Methods in molecular biology, Volume: 593, Pages: 1-23

Liste des UEs

Liste des parcours

Mention	Parcours	M1S1	M1S2	M2S3	M2S4
Mathématiques et interactions	Analyse, probabilité et applications	✔	✔
	Analyse et applications			✔	✔
	Probabilités et statistiques des nouvelles données			✔	✔
	Finance			✔	✔
Informatique	Logiciel	✔	✔	✔	✔
Chimie	Chimie des molécules bioactives	✔	✔	✔	✔
	Polymères fonctionnels	✔	✔	✔	✔
	Physico-chimie moléculaire et applications	✔	✔	✔	✔
	Analyse et assurance qualité	✔	✔	✔	✔
Ingénierie des systèmes complexes	Systèmes distribués et technologies des réseaux	✔	✔	✔	✔
Ingénierie des systèmes complexes	Systèmes cyber-physiques, technologies de l'information, de l'intelligence et du contrôle	✔	✔	✔	✔
Traitement du signal et des images	Instrumentation de la pollution atmosphérique	✔	✔	✔	✔
	Signaux et images en médecine - Sciences de l'ingénieur	✔	✔	✔	✔
	Signaux et images en médecine - Sciences de la vie et de la santé	✔	✔	✔	✔
Optique, image, vision et multimédia	International biométrie	✔	✔	✔	✔
Mécanique	Modélisation et simulation en mécanique des solides	✔	✔	✔	✔
	Modélisation et simulation en mécanique des fluides et transferts thermiques	✔	✔	✔	✔
	Approches multi-échelle pour les matériaux et les structures	✔	✔	✔	✔
Sciences et génie des matériaux	Matériaux avancés et nanomatériaux	✔	✔	✔	✔
Sciences et génie des matériaux	Science des matériaux pour la construction durable	✔	✔	✔	✔
Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement	Ingénierie biologique pour l'environnement	✔	✔	✔	✔
	Analyse des risques sanitaires liés à l'alimentation	✔	✔	✔	✔
	Biologie intégrative (OMICs)	✔	✔	✔	✔
Génie industriel	Maintenance et maîtrise des risques industriels	✔	✔	✔	✔
Risques et Environnement (master RE)	Sciences et génie de l'environnement	✔	✔
	SGE - Systèmes aquatiques et gestion de l'eau			✔	✔
	SGE - Management de l'Environnement des Collectivités et des Entreprises			✔	✔
	SGE - Air			✔	✔
	SGE - Matériaux du patrimoine dans l'environnement			✔	✔

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