| Code APOGEE | Intitulé | ECTS | CM | TD | TP | 1ère Session | 2ème Session | ||||||||||
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| CC | Examen | Dérogatoire | Examen | ||||||||||||||
| Ecrit | Oral | TP | Ecrit | Oral | TP | Ecrit | Oral | TP | Ecrit | Oral | TP | ||||||
| CSYEGLL0 | Glycomique et lipidomique | 4.0 | 19 | 12 | 9 | 30% | 70% | 70% | 30% | 70% | 30% | ||||||
Licences sciences de la vie et de la terre, parcours SVT ou Chimie Biologie, ou autre licence de champs disciplinaires équivalents Introduction à la biologie intégrative – omics Bon niveau en biochimie (structures) des constituants cellulaires principaux (ADN, ARN… Proteines, peptides, … Lipides, Glycans…)
Introduction à l’étude du phénotype cellulaire par l’analyse globale des métabolites glucidiques (glycomique) et lipidiques (lipidomique), afin de pouvoir comprendre leurs variations en réponse à l’état physiologique (homéostasie, vieillissement….) et pathologique, leurs interactions avec d’autres molécules, et leurs implications dans la fonction cellulaire. L’application de ces approches à la recherche de cibles thérapeutiques, de biomarqueurs diagnostiques et pronostiques sera aussi abordée.
Maitriser de façon approfondie les structures fines, signatures biochimiques, des principaux régulateurs lipidiques et glycaniques impliqués dans l’homéostasie cellulaire. Connaitre toutes les étapes de la biosynthèse et de la dégradation de ces différents régulateurs et leur compartimentalisation cellulaire. Appréhender les technologies haut débit –OMICS- permettant de caractériser les structures et/ou les fonctions de ces 2 types de régulateurs.
CM Lipidomique (9h): - Rappels sur la structure et fonctions des différentes classes de lipides. Lipidomique fonctionelle et méthodes d’analyse - Lipidomique et santé. Le lipidome comme cible thérapeutique - Lipidomique à haut débit : fonctionnement des plateformes - L’approche « vert » à la lipidomique : supercritical fluid chromatography - Imagerie lipidomique par spectrométrie de masse - Nouvelles approches globales d’analyse des lipides CM Glycomique (9h): - Rappels sur les structures des différentes espèces de glycosaminoglycanes (GAG). - Description des étapes de biosynthèse et de dégradation des GAG, niveaux moléculaire, biochimique - Description des rôles fonctionnels des GAG : interaction, partenaires et régulation - Méthodes d’analyse glycaniques, Plateforme glycaniques à haut débit - GAG et santé. Les GAG comme cible thérapeutique TD 6h - Rappels sur la structure et fonctions des différentes classes de lipides. Principes du métabolisme lipidique et glucidique aux niveaux moléculaire, cellulaire et organique - Méthodes d’analyse: extraction, méthodes chromatographiques, spectrométrie de masse, imagerie, étude des interactions - Interprétation des données lipidomiques et glycomiques - Analyse d’article lipidomiques et glycomiques - Rédaction article TP TP (9h : 2 x ½ journées) : Profilage d’acides gras par GC-MS sur deux demi-journées : - Séparation de fractions membranaires, extraction des lipides, dérivation, injection sur GC-MS - Analyse par TLC. Evaluation des résultats par GC-MS et comparaison avec les résultats par TLC. Ou Profilage de GAGs sur deux demi-journées : - Injection en HPLC - Analyse par migration sur gel
Cours magistraux avec pdf des diaporamas transmis au préalable Séances de TD en pédagogie Inductive avec analyses d’articles transmis aux étudiants 15 jours auparavant et présentation des articles par trinômes ou binômes. Les articles aborderont des technologies à haut débit pour répondre aux questions de santé et aux problématiques des réseaux impliqués dans la régulation de mécanismes cellulaires En TP, les étudiants travailleront sur la mise en place d’un protocole expérimental permettant d’utiliser les –omics en partant d’une question de santé. le protocole de ces séances de TP sera intégré avec l’UE « Omics et santé », ce qui permettra, à partir d’un organe cible et d’une pathologie donnée (modèles animaux ou cellules en culture), d’extraire, de quantifier et de caractériser les GAG et les lipides en comparant les profils des tissus « sains » versus « pathologiques ». Basée sur les thématiques de recherche des enseignants, et de leur article en cours de rédaction et de soumission, les étudiants auront à répondre à une demande d’expérience complémentaire formulée par un « reviewer » pour compléter l’article. Des séances de TD seront alors dédiées à l’analyse des résultats des manips de TP et à la rédaction des parties correspondantes de l’article scientifique (Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion)
Une fiche d’évaluation sera distribuée en fin de module afin de savoir si pour chacun des cours leurs pré-requis étaient suffisants pour appréhender les concepts nouveaux, le degré de complexité des terminologies des connaissances nouvelles, le didactisme des supports, l’apport des articles de bibliographie référencés ou des articles analysés
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