Offre de formation de la faculté des sciences et technologie de l'UPEC

Détails de l'UE "Autres omiques et systèmes intégrés - S9" (3.0 ECTS)

Code APOGEE	Intitulé	ECTS	CM	TD	1ère Session									2ème Session
					CC			Examen			Dérogatoire			Examen
					Ecrit	Oral	TP	Ecrit	Oral	TP	Ecrit	Oral	TP	Ecrit	Oral	TP
CSYEAOS0	Autres omiques et systèmes intégrés	3.0	18	12	20%	20%		60%			100%			100%

Publics concernés

Mention "Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement", parcours "Biologie intégrative (OMICs)", semestre M2-S3

Responsable(s) pédagogique(s)

Maria Helena CRUZ DE CARVALHO
Laure GARRIGUE ANTAR

Pré-requis / co-requis

Biochimie structurale, biologie moléculaire

Objectifs

Fournir aux étudiants des connaissances théoriques et méthodologiques sur  la régulation de l’expression différentielle des gènes et l’influence des facteurs environnementaux sur ces mécanismes. Ces connaissances sont fondamentales car elles révèlent une lecture différente d'un même code génétique, en fonction des tissus et des types cellulaires ainsi que des conditions de l’environnement. Ce code épigénétique varie dans le temps, suite au vieillissement, aux maladies, et aux stimuli environnementaux. Ces variations épigénétiques associées aux pathologies (cancer, maladies neurodégénératives), sont également considérées comme une source de plasticité des organismes en situation de contrainte, notamment chez les végétaux.

Connaissances / compétences acquises

- Connaître les principaux mécanismes moléculaires permettant de réguler l’activité épigénétique chez les animaux et les végétaux
- Appréhender l’intégration de l’épigénomique en liaison avec les autres omics, à l’échelle du métabolisme (métabolomique) et des interactions moléculaires (interactomique) par l’analyse d’articles scientifiques.

Contenu détaillé de l'enseignement

Certains chapitres seront dispensés en pédagogie inversée
Le cours comportera une partie concernant l’étude des mécanismes de la régulation épigénétique chez les animaux et chez les plantes : Modifications de l’ADN (méthylation) ; modifications des histones (méthylation ; acétylation) ; rôles des microARN dans la régulation de l’expression des gènes lors du développement et du vieillissement, mais aussi lors de pathologies comme le cancer et les maladies neurodégénératives ; modalités d’expression et rôles des longs ARN non-codants, dans le développement et l’adaptation des organismes à leur environnement. La notion d’ « épimédicament » sera abordée (DNMTi, HDACi). Le cours traitera également les processus épigénétiques spécifiques aux animaux et aux végétaux. Une seconde partie abordera les techniques d’étude des processus épigénétiques (immunoprécipitation de la chromatine ChIP ; séquençage haut-débit associée aux ChIP, entre autres).
TD : analyse détaillée d’articles

Méthode d'enseignement

Cours magistral / séances de TD classiques (analyse détaillée d’articles)
Certains chapitres seront dispensés en pédagogie inversée

Evaluation par les étudiants

questionnaire

Indications bibliographiques

Epigenetics, a reference manual. JM Craig & NC Wong, Caister Academic Press (2011)
Handbook of Epigenetics: The New Molecular and Medical Genetics. Trygve Tollefsbol, Academic Press, Elsevier.(2012)

Liste des UEs

Liste des parcours

Mention	Parcours	M1S1	M1S2	M2S3	M2S4
Mathématiques et interactions	Analyse, probabilité et applications	✔	✔
	Analyse et applications			✔	✔
	Probabilités et statistiques des nouvelles données			✔	✔
	Finance			✔	✔
Informatique	Logiciel	✔	✔	✔	✔
Chimie	Chimie des molécules bioactives	✔	✔	✔	✔
	Polymères fonctionnels	✔	✔	✔	✔
	Physico-chimie moléculaire et applications	✔	✔	✔	✔
	Analyse et assurance qualité	✔	✔	✔	✔
Ingénierie des systèmes complexes	Systèmes distribués et technologies des réseaux	✔	✔	✔	✔
Ingénierie des systèmes complexes	Systèmes cyber-physiques, technologies de l'information, de l'intelligence et du contrôle	✔	✔	✔	✔
Traitement du signal et des images	Instrumentation de la pollution atmosphérique	✔	✔	✔	✔
	Signaux et images en médecine - Sciences de l'ingénieur	✔	✔	✔	✔
	Signaux et images en médecine - Sciences de la vie et de la santé	✔	✔	✔	✔
Optique, image, vision et multimédia	International biométrie	✔	✔	✔	✔
Mécanique	Modélisation et simulation en mécanique des solides	✔	✔	✔	✔
	Modélisation et simulation en mécanique des fluides et transferts thermiques	✔	✔	✔	✔
	Approches multi-échelle pour les matériaux et les structures	✔	✔	✔	✔
Sciences et génie des matériaux	Matériaux avancés et nanomatériaux	✔	✔	✔	✔
Sciences et génie des matériaux	Science des matériaux pour la construction durable	✔	✔	✔	✔
Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement	Ingénierie biologique pour l'environnement	✔	✔	✔	✔
	Analyse des risques sanitaires liés à l'alimentation	✔	✔	✔	✔
	Biologie intégrative (OMICs)	✔	✔	✔	✔
Génie industriel	Maintenance et maîtrise des risques industriels	✔	✔	✔	✔
Risques et Environnement (master RE)	Sciences et génie de l'environnement	✔	✔
	SGE - Systèmes aquatiques et gestion de l'eau			✔	✔
	SGE - Management de l'Environnement des Collectivités et des Entreprises			✔	✔
	SGE - Air			✔	✔
	SGE - Matériaux du patrimoine dans l'environnement			✔	✔

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