Offre de formation de la faculté des sciences et technologie de l'UPEC

Détails de l'UE "Glycomique et lipidomique - S9" (4.0 ECTS)

Code APOGEE Intitulé ECTS CM TD TP 1ère Session 2ème Session
CC Examen Dérogatoire Examen
Ecrit Oral TP Ecrit Oral TP Ecrit Oral TP Ecrit Oral TP
CSYEGLL0Glycomique et lipidomique4.01912930%70%70%30%70%30%

Publics concernés

Responsable(s) pédagogique(s)

Pré-requis / co-requis

Licences sciences de la vie et de la terre, parcours SVT ou Chimie Biologie, ou autre licence de champs disciplinaires équivalents
Introduction à la biologie intégrative – omics
Bon niveau en biochimie (structures) des constituants cellulaires principaux (ADN, ARN… Proteines, peptides, … Lipides, Glycans…)

Objectifs

Introduction à l’étude du phénotype cellulaire par l’analyse globale des métabolites glucidiques (glycomique) et lipidiques (lipidomique), afin de pouvoir comprendre leurs variations en réponse à l’état physiologique (homéostasie, vieillissement….) et pathologique, leurs interactions avec d’autres molécules, et leurs implications dans la fonction cellulaire. L’application de ces approches à la recherche de cibles thérapeutiques, de biomarqueurs diagnostiques et pronostiques sera aussi abordée.

Connaissances / compétences acquises

Maitriser de façon approfondie les structures fines, signatures biochimiques, des principaux régulateurs lipidiques et glycaniques impliqués dans l’homéostasie cellulaire.
Connaitre toutes les étapes de la biosynthèse et de la dégradation de ces différents régulateurs et leur compartimentalisation cellulaire.
Appréhender les technologies haut débit –OMICS- permettant de caractériser les structures et/ou les fonctions de ces 2 types de régulateurs.

Contenu détaillé de l'enseignement

CM Lipidomique (9h):
-	Rappels sur la structure et fonctions des différentes classes de lipides. Lipidomique fonctionelle et méthodes d’analyse 
-	Lipidomique et santé. Le lipidome comme cible thérapeutique 
-	Lipidomique à haut débit : fonctionnement des plateformes 
-	L’approche « vert » à la lipidomique : supercritical fluid chromatography 
-	Imagerie lipidomique par spectrométrie de masse 
-	Nouvelles approches globales d’analyse des lipides  

CM Glycomique (9h):
-	Rappels sur les structures des différentes espèces de glycosaminoglycanes (GAG).
-	Description des étapes de biosynthèse et de dégradation des GAG, niveaux moléculaire, biochimique
-	Description des rôles fonctionnels des GAG : interaction, partenaires et régulation
-	Méthodes d’analyse glycaniques, Plateforme glycaniques à haut débit
-	GAG et santé. Les GAG comme cible thérapeutique

TD 6h 
-	Rappels sur la structure et fonctions des différentes classes de lipides. Principes du métabolisme lipidique et glucidique aux niveaux moléculaire, cellulaire et organique 
-	Méthodes d’analyse: extraction, méthodes chromatographiques, spectrométrie de masse, imagerie, étude des interactions 
-	Interprétation des données lipidomiques et glycomiques
-	Analyse d’article lipidomiques et glycomiques
-	Rédaction article TP

TP (9h :  2 x ½ journées) : 
Profilage d’acides gras par GC-MS sur deux demi-journées  :
-	Séparation de fractions membranaires, extraction des lipides, dérivation, injection sur GC-MS
-	Analyse par TLC. Evaluation des résultats par GC-MS et comparaison avec les résultats par TLC.
Ou
Profilage de GAGs sur deux demi-journées  :
-	Injection en HPLC
-	Analyse par migration sur gel

Méthode d'enseignement

Cours magistraux avec pdf des diaporamas transmis au préalable
Séances de TD en pédagogie Inductive avec analyses d’articles transmis aux étudiants 15 jours auparavant et présentation des articles par trinômes ou binômes. Les articles aborderont des technologies à haut débit pour répondre aux questions de santé et aux problématiques des réseaux impliqués dans la régulation de mécanismes cellulaires
En TP, les étudiants travailleront sur la mise en place d’un protocole expérimental permettant d’utiliser les –omics en partant d’une question de santé. le protocole de ces séances de TP sera intégré avec l’UE « Omics et santé », ce qui permettra, à partir d’un organe cible et d’une pathologie donnée (modèles animaux ou cellules en culture), d’extraire, de quantifier et de caractériser les GAG et les lipides en comparant les profils des tissus « sains » versus « pathologiques ».
Basée sur les thématiques de recherche des enseignants, et de leur article en cours de rédaction et de soumission, les étudiants auront à répondre à une demande d’expérience complémentaire formulée par un « reviewer » pour compléter l’article.
Des séances de TD seront alors dédiées à l’analyse des résultats des manips de TP et à la rédaction des parties correspondantes de l’article scientifique (Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion)

Evaluation par les étudiants

Une fiche d’évaluation sera distribuée en fin de module afin de savoir si pour chacun des cours  leurs pré-requis étaient suffisants pour appréhender les concepts nouveaux, le degré de  complexité des terminologies des connaissances nouvelles, le didactisme des supports, l’apport des articles de bibliographie référencés ou des articles analysés

Liste des UEs

Liste des parcours

Mention Parcours M1S1 M1S2 M2S3 M2S4
Mathématiques et interactionsAnalyse, probabilité et applications
Analyse et applications
Probabilités et statistiques des nouvelles données
Finance
InformatiqueLogiciel
ChimieChimie des molécules bioactives
Polymères fonctionnels
Physico-chimie moléculaire et applications
Analyse et assurance qualité
Ingénierie des systèmes complexesSystèmes distribués et technologies des réseaux
Systèmes cyber-physiques, technologies de l'information, de l'intelligence et du contrôle
Traitement du signal et des imagesInstrumentation de la pollution atmosphérique
Signaux et images en médecine - Sciences de l'ingénieur
Signaux et images en médecine - Sciences de la vie et de la santé
Optique, image, vision et multimédiaInternational biométrie
MécaniqueModélisation et simulation en mécanique des solides
Modélisation et simulation en mécanique des fluides et transferts thermiques
Approches multi-échelle pour les matériaux et les structures
Sciences et génie des matériauxMatériaux avancés et nanomatériaux
Science des matériaux pour la construction durable
Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnementIngénierie biologique pour l'environnement
Analyse des risques sanitaires liés à l'alimentation
Biologie intégrative (OMICs)
Génie industrielMaintenance et maîtrise des risques industriels
Sciences et génie de l'environnementSciences et génie de l'environnement
Système aquatiques et gestion de l'eau
Management de l'Environnement des Collectivités et des Entreprises
Air
Matériaux du patrimoine dans l'environnement

Maquette 2018/2019 - Les informations portées sur ces pages sont non-contractuelles et n'engagent en rien la responsabilité de la faculté des sciences et technologies de l'UPEC.