| Code APOGEE | Intitulé | ECTS | CM | TD | TP | 1ère Session | 2ème Session | ||||||||||
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| CC | Examen | Dérogatoire | Examen | ||||||||||||||
| Ecrit | Oral | TP | Ecrit | Oral | TP | Ecrit | Oral | TP | Ecrit | Oral | TP | ||||||
| CSYEOEE0 | Omiques en environnement et écotoxicologie | 4 | 19 | 12 | 9 | 70% | 30% | 70% | 30% | 70% | 30% | ||||||
Un parcours de Licence en Sciences de la Vie et de la Terre est recommandé. Une initiation à l’écologie est souhaitable.
Identifier ce que peuvent apporter les –omics dans les disciplines de l’écologie et de l’écotoxicologie.
Acquérir les concepts de base utilisés en écologie et éco-toxicologie. Comprendre les différents niveaux d’organisation (individu, population, communauté, écosystème) et les relations qui les lient. Etre capable d’identifier la ou les technologie(s) haut débit pertinentes pour étudier un des niveaux d’organisation mentionnés ci-dessus. Interpréter les données obtenues par ces technologies d’un point de vue écologique ou éco-toxicologique.
Eco-physiologie et écotoxicologie d’un individu en réponse à un facteur de l’environnement soit naturel, comme la température ou l’humidité, soit anthropique, comme un polluant organique ou inorganique. Réponse transcriptomique, protéomique, métabolomique d’un organisme à ce facteur de l’environnement. Transcriptomique appliquée à l’étude de la diversité des interactions écologiques et aux multistress. La notion de population ; densité dépendance ; modèles de dynamique des populations. Etude de la variabilité génotypique par l’utilisation de marqueurs aléatoires ou ciblés. La notion de communauté ; les différents types de relations entre espèces (compétition, mutualisme, prédation…) ; assemblage des communautés et théorie des filtres. Métagénome des communautés microbiennes. La notion d’écosystème ; les composantes biotique et abiotique ; flux de matière et d’énergie dans un écosystème ; les organismes ingénieurs de l’écosystème. Détermination du régime alimentaire d’un animal par méta-barcoding. La biodiversité : dynamique de la biodiversité à l’échelle des temps géologiques, impact de l’humain sur la biodiversité, conservation de la biodiversité. Caractérisation de la variabilité génétique d’une population et consanguinité. Les changements globaux : impact de l’humain sur l’occupation des terres, les cycles biogéochimiques (eau, carbone, azote) ; l’ingénierie écologique. Etude de la résilience des réseaux d’interactions par séquençage haut débit. Risques écologiques associés aux xénobiotiques: définition des mécanismes de transfert, d'absorption et de métabolisation chez les plantes et animaux, OMICs pour la mise en évidence de biomarqueurs en écotoxicologie
Les différents éléments du cours seront abordés autant que possible en s’appuyant sur des exemples faisant appel aux technologies haut débit, en particulier en métagénomique et en métatranscriptomique. Les études mettant en relation la structure des communautés et le fonctionnement de l’écosystème permettront aux étudiants de connaître les recherches les plus récentes dans ce domaine. Une partie de ces enseignements seront dispensés en utilisant la pédagogie inversée et par projet, afin de faciliter l'acquisition des compétences d'autonomie, de synthèse, de réflexion et de communication nécessaire à la mise en place d'une étude en écotoxicologie. En TD, les étudiants présenteront un article scientifique mobilisant les technologies –omics pour répondre à une question d’écologie ou d’écotoxicologie. Cela leur permettra de s’approprier les méthodologies utilisées dans ce domaine, et leur interprétation. En TP, les étudiants travailleront sur la mise en place d’un protocole expérimental permettant d’utiliser les –omics en partant d’une question d’écologie ou d’écotoxicologie. Proposition de plusieurs scénarios méthodologique et estimation du temps de travail et du coût financier.
Un questionnaire sera adressé aux étudiants en début de module pour connaître leur niveau en environnement et écotoxicologie et connaître ce qu’ils attendent du module. Une fiche d’évaluation sera distribuée en fin de module afin de savoir si celui-ci a rempli leurs attentes ou a fait évolué leur représentation de ces disciplines.
Barh, D., V. Zambare, and V. Azevedo. 2013. OMICS: Applications in Biomedical, Agricultural, and Environmental Sciences. CRC Press, Boca Raton.
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